O Sertãozinho FC foi fundado oficialmente no dia 6 de agosto de 1944. A criação surgiu após uma reunião entre um grupo de esportistas da cidade. O primeiro presidente foi Enéas Sílvio Bordin e a equipe logo começou a participar dos campeonatos amadores da Liga Ribeirão Pretana de Futebol, à qual era filiada.

O primeiro título foi conquistado em 1954, quando o Sertãozinho FC dividiu a taça de ‘Campeão Amador da Liga’ com o time da cidade de Cajuru. Dois anos mais tarde, o time conquistou o ‘Torneio Cinquentenário de Sertãozinho’.

No início dos anos 60, uma crise fez o clube fechar as portas. No entanto, em 1969, pouco depois da inauguração do Estádio Frederico Dalmaso, um grupo de empresários liderados por Antonio Eduardo Tonielo fez com que o Sertãozinho FC ressurgisse. Logo de cara, a equipe conquistou os títulos da recém-criada ‘Liga Sertanezina de Futebol’ e da ‘Liga Araraquarense’, vencendo os times do Botafogo/SP e Bebedouro, respectivamente. Profissionalizado, o Sertãozinho FC passou a disputar o Campeonato Paulista em 1970. No primeiro ano, perdeu o acesso em uma decisão polêmica contra o Rio Branco de Ibitinga. Mas, em 1971, conquistou o título sobre o Rio Claro e o direito de disputar a ‘Primeira Divisão’ (atual Série A2).

Em 1982, o Sertãozinho FC já estava de volta à Segunda Divisão e por duas vezes esteve bem próximo do Paulistão. Em uma delas, em 1986, o time tinha como presidente o Comendador Alcídio Balbo e no campo craques como Baroninho, Vidotti, Rosemiro, Maxwell e Brecha.

Na metade da década de 90, o Sertãozinho FC viveu sua pior fase, chegando a disputar a Série B1-B (equivalente à Quinta Divisão). Foi aí que surgiu a dupla de empresários José Alberto Gimenez e Antonio Aparecido Savegnago. Com o primeiro na presidência, o time ganhou o acesso à Série B1.

A partir de 2000, com a eleição de Gimenez para a prefeitura de Sertãozinho e a entrada de Toninho Savegnago na presidência do Sertãozinho FC, o time passou a acumular seguidos acessos, até conquistar o inédito direito de disputar o Campeonato Paulista da Série A1

O primeiro acesso ao Paulistão veio em 2006. Na ocasião, o Touro foi vice-campeão da série A2. Em 2007 e 2008, o Sertãozinho disputou a primeira divisão. Foi rebaixado à A2 novamente em 2008. Na temporada de 2009, novamente o Touro voltou a primeira divisão.

No Paulistão de 2010 caiu para a A2. Em 2011, foi rebaixado à série A3, onde permaneceu até 2016, temporada coroada com o acesso e o segundo título grená na competição. Em 2017, 2018 e 2019, o Touro dos Canaviais disputou o Campeonato Paulista da Série A2, divisão que atualmente se encontra